各地にあるような神社においては、その創建時には、その祭神というものが不明であるというような場合もあるようです。もしくは、時間が長い歴史によって経過していく、その中で神仏習合であったり、また明治時代に行われていった神仏分離というものも関係しますし、さらにそこからどんどんと、合祀といったものが行なわれていき、それによって一つの神社の中にさまざまな種類の神が、祀られているというようなところも、非常に多く存在しています。そして、そこから徐々に今日のような事態に定着していったのではないかと言われています。
日本での、万物創造の神としては、天照大御神（あまてらすおおみかみ）須佐之男命（すさのおのみこと）が伊勢神宮によって祀られています。または、天之御中主神といったものもあります。
そして、自然神というものですが、これは天象地象であったり、もしくは動植物を対象としている神様です。
また、死後に崇められたという、人格神というものもあり、これは日光東照宮によって祀られている徳川家康であったり、もしくは太宰府天満宮によって祀られている、菅原道真や、もしくは明治神宮によって祀られている明治天皇であったり、もしくは神田明神によって祀られている平将門などといったものがあります。
また、特定能力であったり、機能の神様というものもあります。これは、特定の職能というものを守護している神であり、金山比古神などがあります。そして、その他の神としては、七福神などといったような、インドであったり、もしくは中国などからやってきた神と習合していったものもあります。
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